bli/bioinfo_utils

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bli/qaf_demux

Quality-aware fastq demultiplexer. The goal is to demultiplex fastq files where the barcode is contained in the read at a known position.

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bli/ricochet-ocaml

Modeling ricochet robot in OCaml

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bli/libworkflows

Some helpers for my HTS snakemake workflows.

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bli/libhts

Some helpers for HTS data analyses.

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bli/libdeseq

Some helpers to call DESeq2 using rpy2 in python.

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bli/libsmallrna

Defining small RNAs in C. elegans.

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bli/plotting_scripts

Some scripts to plot results from my HTS pipelines.

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bli/snakemake_wrappers

Some wrappers for my snakemake HTS pipelines

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bli/libreads

Utilities to make stats and plots from reads.

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bli/bam25prime

Utilities to collapse reads in bam files to their 5' end

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bli/paraccumulators

Some experiments with parallel and functional programming.

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bli/libbamutils

Miscellaneous python things to deal with bam files

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bli/libriboseq

Miscellaneous stuff to deal with Ribo-seq data.

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bli/libclusterseq

Utilities to cluster sequences.

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bli/libconsensus

Utilities to make a consensus from a sequence alignment.

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bli/gtf2attr

Small Haskell utility that extracts an attribute from gtf data.

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bli/libcodonusage

Python utilities to deal with codon usage.

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bli/genome_preparation

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bli/17009_only

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bli/libcelegans

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